公司虚假发工资被查税后，可能面临一系列法律风险，以下是具体说明。
1. 高额经济处罚风险：例如，某公司通过虚列50名“幽灵员工”，每月虚增工资成本20万元，一年多列支出240万元，少缴企业所得税60万元。税务机关稽查后，除追缴60万元税款外，还需加收每日万分之五的滞纳金（按5年计算约54万元），并处以税款1倍的罚款60万元，总计经济损失超174万元；
2. 刑事责任风险：若公司虚假发工资导致偷税金额占应纳税额10%以上且数额较大（如偷税金额超10万元），或因偷税被税务机关给予二次行政处罚后又偷税，可能构成逃税罪，公司负责人会被追究刑事责任。例如，某公司因拆分工资偷税15万元，被税务机关处罚后仍未整改，再次偷税8万元，最终负责人被判处有期徒刑1年，缓刑2年，并处罚金5万元。
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公司虚假发工资是否会被查税，还需考虑一些特殊情况或例外情形的影响。
1. 公司主动补缴税款并说明情况：若公司在税务机关稽查前，主动向税务机关申报虚假发工资的问题，补缴税款、滞纳金，并说明非主观故意（如财务人员操作失误导致工资申报错误），税务机关可能依据《税收征收管理法》第五十二条的规定，从轻或减轻处罚，甚至免除罚款；
2. 虚假发工资行为已过追诉时效：根据《税收征收管理法》第八十六条，税收违法行为在五年内未被发现的，不再给予行政处罚。若公司虚假发工资的行为发生在5年前，且未被税务机关发现、无举报线索，该行为可能不再被追究行政责任，但需注意，若偷税金额巨大（如超过10万元）或属于逃避追缴欠税等情形，追诉时效可能延长；
3. 税务机关因征管资源限制暂未稽查：若公司虚假发工资的金额较小、未触发税务系统的大数据预警，且无外部举报，税务机关可能因征管资源有限暂未对其进行稽查，但该行为仍属于偷税，不排除后续被抽查或关联案件牵连的可能。
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公司虚假发工资是否会被查税，关键看是否触发税务监管条件。
公司虚假发工资可能会被税务机关稽查。

1. 若公司通过虚增工资成本列支、虚列员工人数等方式多列支出少缴企业所得税，税务机关通过比对个税申报数据、企业所得税税前扣除数据，或接收举报后，会启动稽查程序；
2. 若公司少报员工实际工资、拆分工资规避个税（如部分走公账申报个税、部分私账发放未申报），税务机关通过银行流水核查、员工举报等线索，会对公司进行税务检查；
3. 若公司虚假发工资的金额较小、未触发税务系统预警且无外部举报，可能暂时未被查，但不代表不会被后续监管覆盖。
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针对公司虚假发工资是否会被查税的问题，可依据《中华人民共和国税收征收管理法》的相关规定进行分析。
根据《中华人民共和国税收征收管理法》第六十三条，纳税人伪造、变造、隐匿、擅自销毁帐簿、记帐凭证，或者在帐簿上多列支出或者不列、少列收入，或者经税务机关通知申报而拒不申报或者进行虚假的纳税申报，不缴或者少缴应纳税款的，是偷税。公司虚假发工资的行为，若属于虚增工资多列支出（如虚列员工工资套取资金、虚增工资成本少缴企业所得税），或少列员工实际收入（如拆分工资未足额申报个税），均符合“在帐簿上多列支出”“虚假纳税申报”的偷税情形。税务机关有权对该行为进行稽查，追缴税款、滞纳金，并处以罚款；构成犯罪的，还会追究刑事责任。因此，公司虚假发工资的行为会触发税务稽查的法律后果。

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